Eine andere Deutung des Wortes fara ist Geschlecht, wonach Neufahrn etwa neue Siedlung besagte, ähnlich den Ortsnamen, die auf ´ing´ gedeutet werden. Urkundlich genannt wird Neufahrn erstmals im Jahre 1123 als Lehn der Grafen von Kirchberg, die es bis zu ihrem Aussterben im Jahre 1223 inne hatten.

1109 hatten die Kirchberger ihr Schloss zu Mallersdorf in ein Kloster umgewandelt. Beim Tode des Grafen Heinrich von Kirchberg im Jahre 1123 gab dessen Sohn Ernst in Schierling die Güter des Vaters in Neufahrn zu dessen Seelentrost an das Kloster Mallersdorf. Bis zur Mitte des 14. Jahrhunderts gibt es nur spärliche Berichte. So sollen die Besitzer von Neuburg mit denen von Neufahrn und Haselbach identisch sein. Die Neufahrner sollen mit den Haselbecken und Neuburgern gemäss Wappenschildes eines Geschlechtes gewesen sein. Es unterschied sich nur durch drei verschiedene Helmkleinode. Im 30jährigen Krieg wurde Neuburg zerstört. Die Steine des Schlosses wurden nach Haselbach, Neufahrn und Oberlindhart gebracht., teils wurden sie bei dem Kirchlein Sankt Michaelis in Holzen verbaut. Im Jahre 1443 wird wieder ein Haselbeck in Neufahrn genannt. 1448 verkauft Jörg von Haselbeck den Besitz Neufahrn an den Herzog Heinrich von Nieder- und Oberbayern. Schon 1463 verkaufte Herzog Ludwig Schloss und Feste Neufahrn samt der Hofmark an die Gebrüder Christoph und Jörg Eberspeck. Nachdem inzwischen Neufahrn an die Familie Hubert übergegangen war, verkaufte diese 1510 Schloss und Hofmark an Sigmund Kraus zu Münchsdorf, Hofmeister zu Saldental.

Der Landesmutter Erbfolgekrieg – hatte inzwischen ausgetobt und Neufahrn seine verheerende Wirkung erfahren. Der Neubau des Schlosses dürfte in die Zeit des Krausschen Besitzes fallen, denn der Bau trägt die Kennzeichen italenischer Palastarchitektur, die damals vorbildlich war. Heute steht wahrscheinlich noch in der Hauptsache der Bau aus dem 16. Jahrhundert. Am 29. September 1558 wurden Schloss und Hofmark zu Neufahrn von Hans von Münichau zu Laberweinting an Wolf von Haunsperg zu Fachenburg, fürstlicher Salzburgischer Rat, verkauft.

Bald beginnen unter den Brüdern Haunsperg Zwiste über den Besitz Neufahrn. Diese ziehen sich über die Jahrhundertwende hinaus, obwohl am 5. November 1588 eine gerichtliche Teilung des väterlichen und mütterlichen Erbgutes unter die Brüder Christoph, Sebastian und Wolfgang von Hausperg stattgefunden hatte.

Die im Kreisarchiv aufbewahrten Aktenstösse geben Kunde über die streitbaren Herren, die ständige Händel mit ihren Pächtern und Untertanen wegen Fischereirechten, Flachrösten, Holzrechten und Zehent hatten.

Buchstäblich Haare lassen musste Schäpfel auf der Aumühle bei Neufahrn wegen strittiger Pachtzahlung. Hans von Haunsperger liess ihn festnehmen, lief im hinterher, riss ihm seinen Bart aus, schlug ihn mit dem Fuss, warf ihn über einen grossen Balken, wobei dieser rückwärts hinfiel und sich einen Armbruch zuzog und sperrte ihn anschliessend in den Turm. Ständig gab es Reibereien zwischen den Brüdern, die vom kaiserlichen Kammergericht geregelt wurden, was aber nicht dazu führte, dass diese aufhörten.

1633 wurde das Schloss Neufahrn von den Schweden belagert und nach der Kapitulation geplündert. 1635 schliesst Johann Jakob von Haunsperg mit dem Bruder Franz Rudolf einen Vertrag über die Teilung ihrer Erbgüter Fachberg und Neufahrn. Von da an bis zum Ende der Haunspergschen Herrschaft scheint eine Periode der Ruhe in Neufahrn eingekehrt sein, da von den Chronisten keine besonderen Ereignisse berichtet werden.

Nachdem 1698 die Gräflich Haunspergsche Familie ausgestorben war, ging Neufahrn durch Erbschaft an den Grafen Emanuel von Arco. Mitbesitzer waren auch die Königsfeld auf Zaitzkofen, da die letztgeborene Haunsperg einen Grafen von Königsfeld geheiratet hatte.

1757 verkaufte Graf Arco seinen Anteil an das Kloster Rott. Ab 1793 war Graf Clemens von Holnstein in Bayern der Besitzer. 1820 fiel Neufahrn, wie vorher schon Sallach, Laberweinting, Zaitzkofen und Eggmühl an den Grafen Montgelas. 1834 wurde die Herrschaft Neufahrn samt Schloss und Brauhaus mit den gräflich Montgelasschen Gütern von Fürst Maximilian Karl von Thurn und Taxis aufgekauft. Zu diesem Zeitpunkt umfasste der Besitz ca. 150 Tagwerk Grund und 1300 Tagwerk Wald.

Das Geschlecht derer von Haunsperg, gehörte zu den ältesten Salzburgs. Die Haunsperger führen ihr Geschlecht bis auf die Zeiten Pipins zurück. Es waren drei Linien, welche ihre Burgen rund um Haunsperg bei Salzburg gebaut hatten. Die eine Linie hatte ihre Burg an die Grenze zum Innviertel, an der Stelle, wo heute die Kirche Sankt Georgen steht, und blühte bis ins 13. Jahrhundert. Die andere Linie hatte das sogenannte Obere Schloss in der Nähe des heutigen Wirtshauses von Au. 1500 brannte dieses ab und ist seither Ruine.

Die dritte Linie hatte das Untere Schloss nahe der Kirche Sankt Pongraz inne, erlosch aber 1211. Hans Haunsperg stritt 1322 unter den Salzburgern in der Schlacht bei Mühldorf. 1636 wurden die Haunsperger in den Freiherrenstand erhoben. 1670 wurde Johann Jakob Reichsfreiherr von Haunsperg Kurbayerischer Vicedom zu Landshut, von Kaiser Leopold 1. In den Reichsgrafenstand erhoben.

Maria Katerina Gräfin von Königsfeld, geb. Gräfin von Haunsperg, starb zu Zaitzkofen in Bayern am 09.Januar 1724 im Alter von 74 Jahren als letzte ihres uralten und weitberühmten Geschlechtes.